Στις 24 Αυγούστου του 79 μ.Χ. (σύμφωνα με την επικρατέστερη χρονολόγηση), ο Βεζούβιος εξερράγη με καταστροφική δύναμη. Η Πομπηία βυθίστηκε κάτω από μέτρα ηφαιστειακής στάχτης και ελαφρόπετρας. Η θερμοκρασία ήταν τόσο υψηλή που προκάλεσε άμεσο θάνατο στους κατοίκους. Υπολογίζεται ότι έως και 2.000 άνθρωποι έχασαν τη ζωή τους.

Για αιώνες, θεωρήθηκε ότι η Πομπηία εγκαταλείφθηκε οριστικά μετά την καταστροφή. Όμως, νέες ανασκαφές αποκαλύπτουν μια άγνωστη πτυχή της ιστορίας της: η πόλη κατοικήθηκε ξανά και παρέμεινε ενεργή για περίπου 400 χρόνια.

Αρχαιολόγοι που εργάζονται στο Insula Meridionalis, το νότιο τμήμα της αρχαίας πόλης, εντόπισαν ίχνη ζωής μετά το 79 μ.Χ. Οι κάτοικοι αυτής της μετα-έκρηξης Πομπηίας ήταν συχνά κοινωνικά περιθωριοποιημένοι, φτωχοί και με περιορισμένη πρόσβαση σε πόρους.

Είχαν εγκατασταθεί κυρίως στα ανώτερα επίπεδα των κτισμάτων, λόγω της στάχτης που είχε φράξει τις κατώτερες εισόδους. Χρησιμοποιούσαν τους κάτω χώρους για μικρές βιοτεχνίες, αποθήκες ή εργαστήρια.

Αυτοί οι άνθρωποι ίσως ήταν επιζώντες της έκρηξης, πρόσφυγες από άλλες περιοχές ή ακόμα και μετανάστες που αναζητούσαν καλύτερες συνθήκες. Η κοινωνική δομή τους ήταν αρκετά χαλαρή, χωρίς σταθερή διοίκηση ή επίσημο κράτος. Ουσιαστικά ζούσαν σαν μια μικρή κοινότητα «αυτοσχέδιων» κατοίκων μέσα στα ερείπια.

Ο Gabriel Zuchtriegel, διευθυντής του Αρχαιολογικού Πάρκου της Πομπηίας, περιγράφει αυτή τη «δεύτερη Πομπηία» ως ένα είδος «φαβέλας» μέσα στα ερείπια, χωρίς ισχυρή διοίκηση και με κατοίκους που ζούσαν σε συνθήκες φτώχειας και αβεβαιότητας.

Παρά την αντοχή της, η πόλη εγκαταλείφθηκε οριστικά γύρω στον 5ο αιώνα μ.Χ., πιθανότατα μετά από μια ακόμη ηφαιστειακή έκρηξη το 472 μ.Χ.